Il 21 novembre 1988, festa della Presentazione della Beata Maria Vergine, viene liberato, senza aver subito alcun processo giudiziario, con obbligo di residenza nella sede arcivescovile di Hanoi e senza poter esercitare il suo ministero pastorale. In seguito, riceve il permesso di andare in Australia per visitare i suoi genitori.
Al ritorno si ferma a Roma per incontrare il Santo Padre, Giovanni Paolo II, visitare i Dicasteri della Curia romana, per poi ritornare a Hanoi. Nel 1991 ottiene il permesso di viaggiare all’estero, ma gli viene negato il visto di reingresso nel suo Paese. Cominciò così il periodo dell’esilio.
Pur se lontano, egli continua ad essere vicino alla Chiesa vietnamita e al suo Paese. Si prodiga incessantemente per aiutare, secondo le sue possibilità, le attività sociali e caritative, soprattutto i lebbrosari del Vietnam, per incentivare le attività culturali all’esterno e all’interno della Chiesa in Vietnam, per riparare e costruire chiese.
Dedica speciale attenzione per i sacerdoti, le comunità religiose, la formazione dei seminaristi, dei catechisti e dei laici.
Nelle sue sofferenze e persecuzioni personali o per la Chiesa in Vietnam, vive e continua a predicare il perdono e la riconciliazione.